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格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

來源:北京百泰派克生物科技有限公司   2025年04月30日 10:27  

格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型


研究背景:

抗衰老藥物開發(fā)的一個主要挑戰(zhàn)是有效靶點(diǎn)的確定。表觀遺傳失調(diào)已成為衰老的關(guān)鍵標(biāo)志和驅(qū)動力,這表明改善這種失調(diào)可能是緩解衰老表型的一種有希望的策略。據(jù)報道,補(bǔ)充代謝物,包括NAD+前體,α-酮戊二酸鹽等,在一定程度上通過表觀遺傳調(diào)控表現(xiàn)出恢復(fù)青春的作用。然而,小分子化合物在代謝過程中靶向酶是否能夠通過代謝-表觀遺傳調(diào)控來緩解衰老表型,這在很大程度上仍然未知。


前期研究發(fā)現(xiàn)氯磺丙脲(chlorproamide, Chl)是磺脲類化合物,通過線粒體相關(guān)途徑對秀麗隱桿線蟲發(fā)揮抗衰老作用,然而Chl和磺酰脲類化合物的抗衰老作用靶點(diǎn)尚不清楚。


研究結(jié)果:

1、MDH2調(diào)節(jié)細(xì)胞衰老

使用基于先前報道的靶向線粒體的抗衰老化合物(Chl)設(shè)計的化學(xué)探針(Chl- p),進(jìn)行了基于活性的蛋白質(zhì)譜分析(ABPP,由百泰派克提供),以發(fā)現(xiàn)磺脲類藥物的潛在抗衰老靶點(diǎn)(圖1a)。在通過原位Chl- p標(biāo)記和人胚胎肺成纖維細(xì)胞(MRC-5細(xì)胞)中10倍Chl競爭檢測到的蛋白質(zhì)中,MDH2成為一個潛在的靶標(biāo)(圖1a),因為它在線粒體代謝中的功能與之前報道的磺脲類藥物的抗衰老機(jī)制有關(guān)。


用免疫印跡法測定了阿霉素(Dox)誘導(dǎo)衰老的 MRC-5細(xì)胞(圖1b,c)和復(fù)制衰老的小鼠胚胎成纖維細(xì)胞(MEFs)(圖 1d,e)中 MDH2 的水平。結(jié)果顯示 MDH2 水平與細(xì)胞衰老呈正相關(guān)(圖1b-e)。MDH2敲除和過表達(dá)實驗結(jié)果證實,MDH2 可調(diào)控體外培養(yǎng)成纖維細(xì)胞的衰老過程。


格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

圖1 MDH2調(diào)節(jié)細(xì)胞衰老


2、Gli抑制MDH2,延緩細(xì)胞衰老和小鼠衰老

為了測試磺酰脲類藥物對MDH2的影響,評估了重組MDH2在不同磺酰脲類藥物(包括Chl、Glibenclamide(Gli)、tolbutamine (Tolb)、gliclaide (Glic)和gllipizide (Glip))處理下的活性。其中Gli對MDH2的抑制率最高,而Chl僅表現(xiàn)出微弱的抑制作用。為了驗證Gli和MDH2之間的相互作用,合成了一種化學(xué)探針(Gli- p)(圖2a)。在MRC-5細(xì)胞中,Gli- p對MDH2的原位標(biāo)記被8倍Gli顯著競爭(圖2b),表明Gli和MDH2之間存在直接相互作用。測定Gli與MDH2的結(jié)合常數(shù)(KD)為23.9 μM(圖2c),證實了Gli與MDH2的相互作用。Gli對衰老相關(guān)β-半乳糖苷酶(SA-β-gal)染色的緩解效果優(yōu)于Chl(圖2d,e)。


其他細(xì)胞實驗結(jié)果表明Gli延緩了Dox誘導(dǎo)的細(xì)胞衰老和復(fù)制性衰老,減輕了細(xì)胞衰老過程中DNA損傷的積累。小鼠模型結(jié)果也證實了Gli作為MDH2抑制劑在體內(nèi)具有抗衰老作用。


格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

圖2 Gli在體內(nèi)和體外均可緩解衰老表型


3、Gli緩解依賴于MDH2的細(xì)胞衰老

為了確定Gli緩解細(xì)胞衰老的作用是否依賴于MDH2,創(chuàng)建了MDH2敲低和過表達(dá)細(xì)胞模型,并測試Gli對衰老標(biāo)志物的影響。結(jié)果顯示,在敲低的細(xì)胞中,抵消了Chl和Gli的影響,而Gli比Chl更能減輕SA-β-gal染色。過表達(dá)的細(xì)胞中,發(fā)現(xiàn)Gli降低p16INK4a表達(dá)(圖3f,g)和SA-β-gal陽性(圖3h,i)的程度與陰性對照相同。這些結(jié)果表明Gli以MDH2依賴的方式延緩細(xì)胞衰老。


格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

圖3 Gli緩解依賴于MDH2的細(xì)胞衰老


4、Gli通過抑制MDH2調(diào)節(jié)中樞碳代謝

之前的研究表明,Chl誘導(dǎo)復(fù)合體II衍生的線粒體活性氧(mtROS)。在Gli處理的細(xì)胞中,MitoSOXTM的熒光增加(圖4a),這與之前的報道一致。為了進(jìn)一步研究Gli或sh-MDH2對能量代謝的影響,檢測了亞細(xì)胞乳酸水平。發(fā)現(xiàn)細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中的乳酸水平升高(圖 4b),這表明 MDH2 抑制劑會導(dǎo)致TCA循環(huán)抑制,從而誘導(dǎo)有氧糖酵解。


在使用或不使用Gli處理的細(xì)胞(2 h)中進(jìn)行靶向代謝檢測,結(jié)果顯示,不同組間的代謝物主要涉及 “癌癥中樞碳代謝 ”和 “蛋白質(zhì)消化吸收 ”過程(圖 4c)。糖酵解中間產(chǎn)物被下調(diào)(圖 4d),而TCA循環(huán)中間產(chǎn)物(圖4e)和構(gòu)成生物體蛋白質(zhì)的全部20種氨基酸(圖4f)被上調(diào)。處理24 h后,只有TCA 循環(huán)癌癥中的中心碳代謝中的代謝物富集(圖 4g)。糖酵解中間產(chǎn)物(圖 4h)和 18 種氨基酸(圖 4j)的水平得到恢復(fù),而 TCA 循環(huán)中間產(chǎn)物的水平仍然上調(diào)(圖 4i)。這些結(jié)果證實了 Gli 直接靶向TCA循環(huán)并保持其代謝改變,而其他代謝途徑的改變在長期使用 Gli 治療中可以得到補(bǔ)償。


為了證實Gli通過抑制MDH2調(diào)控中心碳代謝,測定了Gli處理2小時后sh-Scr和sh-MDH2細(xì)胞中不同代謝物的含量。結(jié)果顯示,在Gli處理和sh-MDH2細(xì)胞中,MDH2催化的從蘋果酸到草酰乙酸的轉(zhuǎn)化被阻斷。Gli還下調(diào)了sh-Scr細(xì)胞中的氨基酸水平,而 sh-MDH2的作用被抵消了。這些結(jié)果表明,Gli 以依賴 MDH2 的方式調(diào)節(jié)碳代謝中心的代謝物。


格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

圖4 Gli以TCA循環(huán)為目標(biāo),調(diào)節(jié)中樞碳代謝


5、MDH2抑制調(diào)節(jié)SAH代謝和組蛋白甲基化

在依賴于MDH2的26種Gli調(diào)控的差異代謝物中(圖5d,橙色字體),補(bǔ)充S-腺苷高半胱氨酸(SAH)zuì xiǎn zhù地降低了p16INK4a的表達(dá)(圖 5e)。Gli處理后,細(xì)胞內(nèi)SAH水平下降,而S-腺苷甲硫氨酸(SAM)水平上升(圖5f)。這些結(jié)果表明,MDH2 抑制增強(qiáng)了蛋氨酸循環(huán)通量,該通量將SAH水解為高半胱氨酸,并以蛋氨酸為底物合成SAM(圖 5g)。在組蛋白甲基化位點(diǎn)中,Gli 在1天的處理中上調(diào)了H3K27me3水平,而H3K4me3和 H3K9me3水平未受影響(圖 5h,i)。在5天的處理中,H3K4和H3K27的三甲基化都增加了(圖 5j,k)。由于組蛋白甲基化對蛋氨酸代謝的動態(tài)很敏感,這些表型支持了在 MDH2 抑制下蛋氨酸循環(huán)通量的激活。


其他衰老細(xì)胞結(jié)果顯示,Gli上調(diào)了NRK-52E細(xì)胞中H3K4me3和H3K27me3的水平,而SAH只誘導(dǎo)了H3K4的三甲基化,這表明在MDH2抑制下,H3K27me3是甲基化的關(guān)鍵位點(diǎn),可以延緩細(xì)胞衰老。


格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

圖5 DA增加了UUO腎臟中p-β-catenin (S33/37/45/T41),降低了總β-catenin含量


6、體內(nèi)抑制MDH2延緩肝臟衰老,上調(diào)H3K27me3

通過肝臟特異性敲低MDH2和Gli處理,檢測相關(guān)標(biāo)志物和組蛋白修飾。結(jié)果顯示,敲低MDH2或Gli處理均能顯著降低衰老小鼠肝臟中p16INK4a的表達(dá)水平,并上調(diào)H3K27me3水平。研究結(jié)果表明MDH2抑制(通過Gli或sh-Mdh2)干擾TCA循環(huán),增強(qiáng)蛋氨酸循環(huán)通量,誘導(dǎo)H3K27me3的甲基化修飾,從而通過代謝-表觀遺傳調(diào)控減輕細(xì)胞衰老和組織衰老(圖7)。


格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

圖6 抑制 MDH2 可延緩肝臟衰老并提高體內(nèi) H3K27me3 水平


格列本脲通過代謝調(diào)節(jié)的表觀遺傳修飾靶向MDH2來緩解衰老表型

圖7 抑制 MDH2 的代謝表觀遺傳調(diào)控抗衰老作用示意圖


研究結(jié)論:

研究介紹了一種通過靶向MDH2來緩解衰老表型的新方法,從而增強(qiáng)蛋氨酸循環(huán)通量并逆轉(zhuǎn)組蛋白甲基化的年齡相關(guān)改變。Gli作為MDH2的小分子抑制劑,是一種很有前景的先導(dǎo)化合物,可以通過修飾獲得最佳的MDH2抑制活性和藥代動力學(xué)性質(zhì)。基于Gli的衍生物可以更好地靶向MDH2,在通過代謝干預(yù)延緩衰老和減輕年齡相關(guān)疾病方面具有很大的治療潛力。


參考文獻(xiàn):Mao, Z., Liu, W., Zou, R. et al. Glibenclamide targets MDH2 to relieve aging phenotypes through metabolism-regulated epigenetic modification. Sig Transduct Target Ther 10, 67 (2025).


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