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菌落 PCR 分析克隆的重組體實(shí)驗(yàn)

閱讀:2092        發(fā)布時(shí)間:2018/5/24
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  • 菌落 PCR 分析克隆的重組體實(shí)驗(yàn)
試劑、試劑盒

溴化乙錠Taq 延伸 PCR 添加劑Tween2010% 溶液dNTP 溶液PCR 緩沖液熱穩(wěn)定 DNA 聚合酶引物

儀器、耗材

無(wú)菌槍頭瓊脂糖凝膠電泳設(shè)備和試劑

實(shí)驗(yàn)步驟

一、材料

1. 緩沖液、溶液和試劑

溴化乙錠

Taq 延伸 PCR 添加劑(Stratagene)

Tween20,10% 溶液

2. 酶和酶緩沖液

dNTP 溶液(包含所有的 4 種 dNTP,每種都是 25 mmol/L)

PCR 緩沖液,10X, 用戶買(mǎi)熱穩(wěn)定聚合酶時(shí)公司一并提供,或者 PCR 優(yōu)化緩沖液,比如,Opti-Prime PCR 優(yōu)化試劑盒(Stratagene),以及 PCR Optimizer(Invitrogen)

熱穩(wěn)定 DNA 聚合酶(5~10U),比如,Taq DNA 聚合酶,克隆化的 Pfu DNA 聚合酶(Stratagene)

3. 核酸和寡核苷酸

可選擇:插入物特異的引物(在雙向克隆中用來(lái)確定插入物的方向)

一套篩選重組體的引物

4. 設(shè)備

用于劃板和接菌的無(wú)菌槍頭

用槍頭代替牙簽,是因?yàn)檠篮灴赏ㄟ^(guò)毛細(xì)作用帶走液體,因此會(huì)改變反應(yīng)混合物的濃度。

5. 額外項(xiàng)目

瓊脂糖凝膠電泳設(shè)備和試劑,包括溴化乙錠

二、方法

1. 根據(jù)反應(yīng)數(shù)目或要做的 PCR 反應(yīng)的管數(shù),在冰上用一個(gè)離心管像調(diào)雞尾酒一樣準(zhǔn)備

PCR「雞尾酒」式混合物,按如下順序依次加入各種成分。

H2O 將終體積補(bǔ)充到 25ul

Taq 緩沖液,10X                                                          2.5ul

Tween20(體積分?jǐn)?shù) 10% 溶液)                                   1.0ul

dNTP 混合物(每種 dNTP 為 25 mmol/L)                     0.2ul

重組體篩選引物套(100ng/ul)                                     1ul

Taq 延伸 PCR 添加劑(5U/ul)                                     0.25ul

Taq DNA 聚合酶(5U/ul)                                              0.25ul

2. 在冰上,分裝"雞尾酒"式 PCR 混合物到每一個(gè) PCR 試管中,每管移取 25ul。

3. 對(duì)照反應(yīng)中,加入 1ul 的非重組 DNA。
可以選擇:對(duì)于用來(lái)確定插入方向的反應(yīng),向恰當(dāng)?shù)姆磻?yīng)管中加入第三個(gè)插入物特異的引物。

4. 對(duì)于重組篩選,用一個(gè)無(wú)菌槍頭刺挑一下轉(zhuǎn)化后長(zhǎng)出的菌落,然后在相應(yīng)的反應(yīng)管中攪動(dòng)菌落物質(zhì)。在給每一個(gè)反應(yīng)混合物接種后,迅速地移走槍頭,并在含有抗生素平板上輕涂以留菌種,以備后續(xù)分析。對(duì)于 PCR 介導(dǎo)的重組篩選,也可參考下面的疑難解答。

5. 輕輕混勻每個(gè)反應(yīng)體系。

6. 用推薦的循環(huán)參數(shù)進(jìn)行 PCR。

7. 用標(biāo)準(zhǔn)的瓊脂糖凝膠電泳分析 PCR 產(chǎn)物。推薦用 10~15 g/L 瓊脂糖凝膠來(lái)優(yōu)化分辨500~6000bp 的 PCR 產(chǎn)物。通常,取 1~5ul PCR 產(chǎn)物經(jīng)溴化乙錠染色后分析??梢酝ㄟ^(guò)傳統(tǒng)的瞬間成像技術(shù)或計(jì)算機(jī)圖像軟件來(lái)獲取圖像。

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